藍藻爆發的原因主要包括以下幾個方面：
水體中的氮磷元素大量存在且比例失衡。這導致水體富營養化，為藍藻提供了豐富的生長條件。
高溫。藍藻喜歡高溫、強光的環境，尤其在溫度達到25至35攝氏度時，其生長速度會顯著加快。
養殖日常管理不當。例如，過量投餵、不及時改底、缺乏有益藻類的培育等，都會促進藍藻的爆發。
工業污染和農業活動。如化肥流失、生活和畜禽污水的排放、燃燒礦物燃料等，都會導致水體中氮磷等營養物質的比例失衡，進而促進藍藻的生長。
水體處於靜止狀態。缺乏流動的水體有利於藍藻的積累和繁殖。
此外，藍藻的爆發還可能與水體pH值、養殖品種的搭配比例等因素有關。