蘋果酵素的製作方法有多種，以下是一種常見的製作步驟：
準備新鮮的蘋果，切成小塊，然後放入發酵容器中。加入適量的純淨水和砂糖，攪拌均勻。
蓋上蓋子，放置在避光、室溫的環境中發酵，時間爲3至5天。
發酵期間，每天攪拌1至2次，以排氣並促進發酵。
發酵完成後，過濾出果肉，將果汁裝瓶並放入冰箱冷藏保存。飲用時，兌入涼開水後飲用。
需要注意的是，發酵容器、刀具、砧板、勺子和攪拌棒都需要事先清潔和消毒。使用的水果應保持新鮮，不能有腐爛的部分。發酵的最佳溫度範圍是28至35度，發酵過程中應避免使用玻璃容器，因爲會產生大量氣體導致容器膨脹甚至破裂。每隔15至20天，應打開容器放氣一次。