蘑菇石的形成主要是由於風蝕作用，具體原因如下：
風力侵蝕。在沙漠等地區，由於風化作用，岩石的鬆軟部分被吹走，而堅硬部分則保留下來，形成獨特的蘑菇形狀。
氣流中的沙粒含量。風蝕作用的效果與氣流中的沙粒含量有關。在近地面層，由於摩擦力的作用，風力較小，攜帶的沙粒也較少，侵蝕作用較弱。相比之下，較高的地方雖然風力較大，但攜帶的沙粒較少，侵蝕作用也較弱。中間高度上的風力較大，攜帶的沙粒量也較大，因此侵蝕作用最強。這種差異導致岩石的中間部分被侵蝕得越來越小，而上下部分相對較大，形成了蘑菇石。
此外，水平成層、軟硬相間的岩石更易於發育成風蝕蘑菇。