蛋白質研究方向涵蓋了多個領域，主要包括：
蛋白質組學技術。蛋白質組學技術在農業生物科研領域、疾病機理機制研究、藥物研究、海洋環境、植物脅迫機制研究等方面有廣泛套用。例如，在農業科研中，蛋白質組學技術用於研究作物生長發育、病蟲害防治、遺傳育種、畜牧獸醫學疾病診斷和治療等，對現代農業發展有重要作用。在食品科學中，蛋白質組學研究食品的熱處理過程中蛋白質的結構性變化。
蛋白質的結構與功能。涉及膜蛋白和蛋白質複合體的結構與功能研究，以及蛋白質的轉錄調控、翻譯摺疊及降解的分子機制研究。
蛋白質的相互作用和動態變化。這包括在特定環境或某個發育階段的組織和器官中蛋白質的表達變化的研究，有助於理解生物系統的功能元件組成、相互作用和動態變化。
蛋白質合成、降解與調控機制。研究蛋白質的分子作用機制，特別是在重要生命活動中相關的蛋白質。
蛋白質生物學功能。涉及蛋白質藥物靶標和基於蛋白質相互作用網路的分子診療技術研究。
系統生物學。研究生物系統的功能元件組成、相互作用和動態變化。
發育與生殖研究。圍繞胚胎與器官發育、生殖發育與生殖調控、發育與生殖相關重大疾病的基礎研究等方向進行。
幹細胞研究。涉及細胞重編程研究、幹細胞多能性維持、幹細胞定向誘導分化等方向。
這些研究方向共同為探索生命本質、發展醫藥與生物技術等提供理論基礎與技術支撐。