處理蛋白蟲的方法有多種，可以根據具體情況選擇合適的方式：
大量換水。改善水質環境，定期更換部分水量，以減少蛋白蟲滋生的機會。
清洗濾材和使用高溫處理。例如，用開水燙濾材，或使用高錳酸鉀消毒過濾設備，以殺死蛋白蟲及其卵。
引入天敵。如曼龍等小型魚類，它們可以捕食蛋白蟲，但要注意這些魚類與原有魚群的適應性，避免發生攻擊行為。
使用化學藥劑。如敵百蟲等，但需注意藥劑的用量，以免對魚類造成傷害。
全缸消毒。使用高錳酸鉀浸泡魚缸和濾材，但之後要徹底清洗並重新培養消化細菌。
減少餵食量和降低水體肥度。定時餵食，並及時清除未被食用的食物殘渣。
增加水流和氧氣供應。改善水體的流動性，減少蛋白蟲的滋生。
定期清潔魚缸。包括魚缸壁面、過濾器和水草等，以去除蛋白蟲的棲息地。
選擇這些方法時，需考慮魚缸的具體情況和個人經驗水平，安全性和有效性是最重要的考慮因素。