蛋白質摺疊原理是指蛋白質通過一系列物理過程獲得其功能性結構和構象的過程。這一過程使得蛋白質從無規則捲曲摺疊成特定的功能性三維結構。蛋白質的摺疊是一個從變性狀態恢復到其特定的生物學天然構象的過程，涉及氫鍵和非共價鍵的斷裂與形成。
蛋白質摺疊的研究經歷了多個階段，包括早期的「摺疊核」模型、層次摺疊（碰撞擴散）模型，以及「摺疊核凝縮」模型等。第一個蛋白質摺疊實驗是在核糖核酶A（RNase A）上進行的，該實驗顯示了蛋白質在體外和體內的摺疊過程存在差異。
蛋白質的摺疊不僅包括二硫鍵的形成，還涉及疏水作用、電荷和極性側鏈的相互作用。疏水核心的形成是蛋白質摺疊的關鍵步驟，因為它有助於穩定摺疊的三維結構。此外，二硫鍵作為蛋白質中的共價鍵，對蛋白質的摺疊和穩定性也起著關鍵作用。
蛋白質摺疊的研究不僅有助於理解生物體的基本生命活動，還有潛在的套用價值，如在DNA重組技術中幫助恢復無活性包涵體的活性，以及在疾病研究中闡明致病機理並尋求治療方法。