蛤粉的使用方法根據其用途和類型有所不同，具體如下：
繪畫用途。將蛤粉揉捏成團，粘到盤底，用滾水沖泡出黃色鹼水。將乾燥的蛤粉打散倒入研缽，用指肚揉成球狀，直至不開裂。用量少時，摔打幾百下排出空氣；用量多時，需要摔打、搓成條、再摔。微量可以直接加膠使用。
藥用內服。建議用開水衝散後服用。
藥用外用。如治療小便不通、里急後重、痰火喘嗽、胃氣痛、心脾疼、氣虛水腫浮脹、虛熱遺精、黃水瘡等，將蛤粉與其他藥物混合，製成散劑或膏劑外用。
此外，蛤粉的使用還有一些注意事項。例如，由於其遇水後透明，乍塗上去顯得很白，再塗第二遍時會感覺前面塗的色沒了。因此，使用蛤粉切忌回筆，還要做到每筆所含顏色保持一致。另外，蛤粉的具體加工方式是以天然潔淨尾端泛紫的牡貝為佳，洗淨後搗碎以微火烤制，使其完全鈣化。使用時需配合明膠，將明膠逐步滴入盤中，緩慢揉搓蛤粉，讓每一粒蛤粉充分膠化。