"被告人不在案"意味著在刑事訴訟過程中，被告人處於一種無法參與訴訟活動的狀態。這通常包括以下幾種情況：
逃跑狀態：被告人主動或被動地逃離了司法機關的監管，意圖脫離訴訟程式的規制和刑事責任的追究。這種情況下，被告人客觀上採取了逃跑躲避不見蹤影的行為，應當界定為「不在案」。
嚴重疾病：如果被告人因為患有嚴重精神病或者其他嚴重疾病而不能配合司法機關的訴訟安排，儘管這也會影響和妨礙了訴訟進程，但不能認定其屬於「在逃」和「不在案」。
在偵查階段，無論是被告人主動投案，還是偵查機關對在逃的被告人通過開展相應偵查措施將其抓捕歸案，偵查機關根據案件具體情況，對被告人採取一定強制措施，此時應當認定偵查機關對被告人已經實現了控制，也應當認定被告人「在案」。但如果在押的被告人從監管場所逃跑，或者未在押的被告人逃脫執行機關的監管，此時，被告人主觀上意圖脫離訴訟程式的規制和刑事責任的追究，客觀上採取了逃跑躲避不見蹤影的行為，應當界定為「不在案」。
在審查起訴階段，如果犯罪嫌疑人在逃的，檢察機關案件管理部門在受理案件的過程中發現犯罪嫌疑人逃脫的，應當不予受案，要求公安機關保證犯罪嫌疑人到案之後再移送審查起訴。