製藥公司主要負責生產各種藥品，包括但不限於抗生素、化學合成藥、生物化學藥、植物化學藥等原料藥，以及各種藥物製劑或中藥。這些公司可能採用不同的生產技術，如發酵技術來生產抗生素，或使用搪玻璃反應罐和各種化學反應裝置來生產化學合成藥。此外，製藥公司還可能涉及醫藥及醫療器械的貿易活動，即從製藥廠或醫療設備廠代理或承銷產品，然後銷售給醫院、藥房、個人等客戶。
製藥公司的生產部門負責確保藥品生產過程符合GMP（良好生產規範）標準，保證藥品質量。這包括維護生產區的衛生和潔淨度，確保生產人員的個人衛生，以及生產設備的日常維護和保養。質量部門則負責制定和執行質量管理和檢驗程序，確保藥品的質量和安全性。