豆腐乳的製作方法主要包括以下幾個步驟：
選購豆腐。選擇老豆腐或嫩豆腐，這會影響最終豆腐乳的口感，將豆腐洗淨，切成小塊。
發酵。將切好的豆腐塊擺放在蒸格、菜籃子或直接放在地上，用報紙等覆蓋以防止落灰，放在陰涼處，讓豆腐自然發酵，老豆腐會變得較硬，嫩豆腐則較軟，發酵時間大約為7到10天，直到豆腐表面出現黃色的粘液，有時還會有白色的黴菌絲。
準備調料。典型的調料包括乾辣椒、鹽、花椒、十三香等，可以將這些調料混合在一起，鹽的用量要比平時炒菜時多。
醃製。將發酵好的豆腐塊放入白酒中泡兩分鐘進行消毒防腐，然後放入調料中，讓每個面都均勻裹上調料。
裝瓶貯存。將裹好調料的豆腐乳整齊地放在碗裡或瓶子裡，蓋上蓋子或保鮮膜，放入冰櫃保存。
此外，也可以選擇用腐乳粉促進生菌，或者用蒸煮的方式處理豆腐和瓶子，以確保衛生。製作豆腐乳的過程中，衛生是非常重要的，以確保豆腐乳不會腐敗。