豆芽菜的種子通常選用綠豆、豌豆、黃豆、黑豆、紅豆等豆類種子。這些種子在經過適當的浸泡、沉渣和發芽處理後，可以培育出嫩綠可口的豆芽菜。在製作豆芽菜時，應使用新鮮的豆子，最好是當年生或去年生的，因爲陳年的豆子不容易生芽。