清洗豆豆鞋時，應考慮鞋子的材質，因為不同材質的清潔方法有所不同：
純皮質材料的豆豆鞋。不要沾水，使用專業的皮質保養膏均勻塗抹在鞋子上，然後用乾淨的擦拭棉擦拭，最後讓鞋子自然乾燥。注意，皮質的鞋面較硬，不要硬揉捏。
純棉質材料的豆豆鞋。同樣不能沾水，可以用乾毛巾輕輕刷乾淨，並在不穿著時放入鞋盒中保持清潔和乾燥。清理後，可以在鞋內塞入報紙團以防止鞋面走形。
絨麵皮或磨砂皮的豆豆鞋。在冷水中加入中性洗衣液，並可加入酸性固色劑增強色牢度。將鞋子浸泡在溶液中，充分濕透後用羊毛軟刷刷洗，注意不要使用硬刷。清洗鞋內可使用長柄鞋刷。清洗後用流水漂洗乾淨，避免殘留。鞋子脫水時間控制在三到五分鐘，之後放在陰涼通風處自然陰乾。陰乾後，可使用理絨刷整理絨面，並噴上專用的防塵防水保護劑。
無論何種材質的豆豆鞋，清洗後都應避免直接陽光暴曬，以防止材質受損。