賈寶玉和林黛玉不能在一起的原因主要有以下幾點：
血緣關係：林黛玉是賈寶玉的姑表姐，他們之間存在近親關係，這在古代是不允許結婚的。近親結婚可能會導致後代出現健康問題，這也是賈寶玉和林黛玉不能在一起的一個重要原因。
性格問題：賈寶玉天生多情，但他對女性的尊重和保護可能會與林黛玉的多疑和缺乏安全感產生衝突。這種性格上的差異可能會導致他們在生活中的矛盾和衝突。
封建禮教：林黛玉蔑視封建禮教，而古代女性被要求遵守三從四德，這與林黛玉的性格相違背，因此她難以融入賈府的封建禮教環境。
門戶問題：賈家是顯赫的四大家族之一，而林黛玉卻是寄人籬下的孤兒，兩家門戶不當，戶不對，這也是賈寶玉和林黛玉不能在一起的原因之一。
身體健康：林黛玉的身體狀況越來越差，已經難以承擔起賈府的管事職責，這也是賈府選擇薛寶釵而非林黛玉的原因之一。
價值取向：林黛玉的前世是絳珠仙草，她對於世俗的追求不屑一顧，而賈府希望賈寶玉能走上仕途之路，光耀門庭。賈母和賈府的其他人更傾向於薛寶釵，這也是賈寶玉和林黛玉不能在一起的原因之一。