透析袋的清洗過程通常包括以下幾個步驟：
裁剪透析袋。將透析袋切成適當長度的段，通常是10-20厘米的小段。
煮沸處理。將透析袋放入含有2%（重量比）碳酸氫鈉和1摩爾/升乙二胺四乙酸鈉（pH值約為8.0）的溶液中煮沸10分鐘。
清洗透析袋。使用蒸餾水徹底清洗透析袋，以去除殘留的化學物質和雜質。
使用乙醇處理。將透析袋浸泡在50%乙醇中約30分鐘，以除去殘留的硫化物和污染物。
保存透析袋。如果不需要立即使用，應將透析袋放入去離子水或超純水中，並確保始終浸沒在溶液中，以防止乾燥和損壞。透析袋可以在4攝氏度下保存，或者使用20%乙醇水溶液長期保存。
在使用前，必須戴手套，並用蒸餾水再次清洗透析袋，以確保沒有殘留的化學物質影響實驗結果。對於實驗要求不高的場合，可以使用簡單的方法，例如用開水煮沸5至10分鐘，然後用蒸餾水清洗。然而，現在也有雜質含量極少的即用型透析袋，只需用去離子水清洗即可使用。