《進擊的巨人》第二季的劇情緊張而激烈，主要圍繞人類與巨人之間的衝突展開，其中包含了多個重要事件和角色發展：
調查兵團在牆壁內發現女巨人亞妮後，繼續探索牆壁內的秘密。他們發現牆壁內有巨人存在，這一發現震驚了所有人。
調查兵團分隊長米凱在吸引巨人的注意時，被野獸巨人捕捉並咬斷了腿。米凱英勇犧牲，為其他調查兵團成員爭取了逃跑的時間。
調查兵團104期生在南區待命時，收到巨人襲擊的訊息。他們前往調查，發現巨人襲擊的方向是康尼·斯普林格的故鄉。在薩莎的故鄉，薩莎回憶起與父親的苦澀往事，而艾倫則希望親自確認牆壁的秘密。
調查兵團在厄特加爾城堡過夜時，發現城四周被巨人包圍。他們在城堡中避難，並努力防止巨人的入侵。
在戰鬥中，尤彌爾變成巨人與調查兵團一起戰鬥。她被送往托洛斯特區接受治療，而調查兵團重新開始牆壁修復作戰。
胡佛和萊納向艾倫坦白他們是「鎧之巨人」和「超大型巨人」，並要求帶走艾倫。艾倫隨後巨人化，與鎧之巨人進行戰鬥。超大巨人將尤彌爾抓住並扔入口中，調查兵團攻擊超大巨人但未能接近。
戰鬥結束後，艾倫被鎧之巨人帶走，局勢對人類極為不利。
這些事件揭示了人類與巨人之間的複雜關係，以及調查兵團成員之間的深厚情誼和犧牲精神。同時，劇情也深入探討了人類對牆壁秘密的認知和面對巨人威脅時的恐懼與絕望。