邱姓的起源較為複雜，涵蓋了多種來源和歷史背景，主要可以歸納為以下幾點：
出自姜姓。西周初年，姜太公（呂尚）因輔佐周武王滅商有功，被封於齊，建都營丘（今山東淄博市東北舊臨淄），其子孫中有以地名「丘」為姓的。
出自姒姓。夏帝少康時，封其小兒子曲烈於鄫（今河南省柘城縣北），其後代中有以「丘」為姓的。
出自媯姓。春秋時期，陳國（開國君主是胡公滿）有宛丘，邾國（傳為顓頊後裔挾所建，曹姓）有弱丘，居住在這些地方的人以「丘」為姓。
出自其他族群改姓。如漢代少數民族烏桓族中有姓丘的；南北朝時，北魏孝文帝遷都洛陽後，鮮卑族的複姓丘林氏、丘敦氏改為單姓丘。
此外，清代雍正年間，為了避諱孔子的名號「丘」，清政府下令將丘姓改為邱姓。民國初年，部分邱姓人士又將其姓氏改回丘姓。