酵母菌的染色方法主要包括以下幾種：
核DNA和線粒體DNA染色。將酵母細胞培養至約107細胞/ml，離心收集後懸浮在70%乙醇中固定5分鐘以上，用去離子水洗滌2次，然後將細胞懸浮在含有50ng/ml的4,6-二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)的封固劑中，使用紫外濾片觀察。
線粒體染色。培養酵母細胞至約107細胞/ml，加入100ng/ml的3,3』-二已基噁羰花青碘化物(DiOC6)，用乙醇將1mg/ml母液稀釋至1/104，培養5分鐘以上，使用螢光素濾片觀察。
液泡染色。將酵母細胞培養至約107細胞/ml，離心收集後懸浮在含有50mmol/L檸檬酸鈉(pH4.0)的YPD中，加入CDCFDA(羧基-2』,7』-二氯-螢光素雙乙酸鹽)至終濃度為10μmol/L，保溫10分鐘以上，使用螢光濾片觀察。
牙痕和幾丁質染色。培養酵母細胞至約107細胞/ml，加入100μg/ml的Calcofluor(螢光發光劑28)，用水將1mg/ml母液稀釋至1/10，培養5分鐘以上，使用紫外濾片觀察。
以上方法可以用於觀察酵母菌的不同結構和特性。