酵素肥料的做法主要包括以下幾個步驟：
原料準備。需要準備果蔬廢棄物（如蔬菜、水果和果皮）、糖（如白糖、紅糖、蜂蜜）和水（如自來水或井水）。建議使用有機蔬菜和水果作為果蔬廢棄物。
清洗和切割。將果蔬廢棄物清洗乾淨，去除不可食用的部分，並將可食用的部分切成小塊。
混合和發酵。將果蔬廢棄物放入一個大容器中，加入糖，糖的用量約為果蔬廢棄物重量的10%。然後加入水，水量為果蔬廢棄物的2到3倍，攪拌均勻。蓋上容器，放置在陰涼通風的地方，每天攪拌一次。發酵時間需要3到6個月，具體時間取決於溫度和濕度等因素。發酵過程中要注意觀察，避免異味或發霉。
過濾和保存。發酵完成後，將酵素液過濾，去掉固體廢棄物，得到純淨的酵素液。將酵素液存放在密封容器中，並放置在陰涼通風的地方保存，可以保存長達半年以上。
使用酵素肥料時，可以按照1:100的比例與水混合後澆灌土壤，或者噴灑在植物葉面上，也可以用於製作有機肥料。需要注意的是，酵素肥料不能直接食用，也不能作為食品使用。同時，在製作和保存過程中要注意衛生和通風，避免交叉污染和異味產生。