酵素肥料的製作方法有多種，以下是一種常見的製作方法：
收集材料。收集水果皮、爛水果、花生殼、香蕉皮、西瓜皮等材料，將這些材料切成小塊，以加速發酵過程。
準備容器。使用塑膠瓶作為發酵容器，避免使用玻璃瓶，因為發酵過程中會產生氣體，玻璃瓶可能會爆炸，確保容器乾淨並且預留出20%的發酵空間。
混合材料。將切碎的材料放入容器中，加入適量的水（可以用淘米水代替清水），比例大約為1:3:10，即一份材料、三份水和十份水。
添加發酵劑。加入一些EM發酵劑或紅糖，這有助於加速發酵過程並提高肥力。
密封發酵。將容器密封，放在陽光充足、溫度高的地方進行發酵，每隔幾天打開一次容器放氣，以防止氣體積累導致瓶子爆炸。
完成發酵。發酵時間大約為15至30天，具體時間取決於環境和材料種類，完成後，將液體稀釋後可用於澆花或蔬菜。
此外，使用酵素肥料時，稀釋比例可根據植物的大小和需求調整，例如弱小苗根澆稀釋約200至300倍，大苗根澆稀釋約20至100倍，噴葉稀釋約200至500倍。