醫療廢棄物的處理過程主要包括以下幾個步驟：
分類包裝。醫務人員將醫療垃圾按照規定進行分類，並使用專用的黃色垃圾袋進行包裝，包裝袋和容器外部必須有明確標記，包括單位、分類（如感染性、病理性）、時間等信息，且垃圾不可隨意取出。
初步處理。醫療垃圾的直接產生者會進行一級處理，如使用消毒水浸泡等，醫院指定責任人會進行二級處理，如分裝打包等。
運輸。包裝好的醫療垃圾由專業人員運走，放置在遠離交通幹線、居民區等的專門場所。
最終處理。包括高溫焚燒、醫療廢物粉碎、化學處理、微生物處理、無菌化處理等多種方法。例如，高溫焚燒處理可以有效地將廢物完全燃燒，減少傳染病和有害物質的傳播；化學處理使用酸鹼中和、氧化還原等方法分解和中和廢物中的有害物質。
填埋處理。衛生填埋法是將垃圾埋入地下，通過微生物的分解作用使之分解爲無害的物質，但需經過科學的選址，並用防滲層等材料鋪設，以防有害物質滲入土壤。
這些步驟共同確保了醫療廢棄物得到安全、有效的處理，以防止其對環境和人類健康造成危害。