當發現銀行卡被重複扣款時，可以採取以下步驟來處理這個問題：
覈實交易記錄。首先，需要覈實銀行卡的交易記錄，確認是否確實存在重複扣款。可以通過網銀、手機銀行或聯繫銀行客服來查詢交易記錄。
聯繫商家或銀行。如果重複扣款是商家的失誤，可以聯繫商家，說明情況並要求退款。若商家不予理會或解釋不令人滿意，可以向信用卡髮卡銀行提交申訴，提供詳盡的信息，包括重複扣款日期、金額、商家聯繫方式及與商家的溝通記錄。
取消交易或申請爭議處理。根據銀行的不同，可以選擇取消重複扣款的交易或申請爭議處理，銀行會根據提供的證據進行調查並與商家溝通，最終給出解決方案。
監控賬戶餘額。及時關注信用卡賬單和銀行交易記錄，確保沒有出現其他未授權的扣款。如發現其他問題，應立即聯繫銀行處理。
考慮法律援助。如果銀行和商家不能解決問題，可以尋求法律援助或考慮訴訟，根據自身權益和法律法規進行維護。
此外，如果是銀行系統問題導致的重複扣款，銀行應儘快發現並解決問題，確保賬戶安全和資金安全。銀行應及時退還多扣款項，避免給用戶帶來不必要的損失和麻煩，並主動向用戶道歉，提供補償措施以彌補用戶的不便和損失。