《金陵十三釵》的結局是非常悲慘的。在小說中，13名女性的命運都十分悽慘，只有趙玉墨一人倖存。以下是相關介紹：
其他12名女性在日軍手中的遭遇各異，其中包括兩位女性試圖使用牛排刀進行反抗，但未遂並當場被殺。其餘11名女性在經歷了一系列殘酷的行為後，包括被送往慰安所和遭受折磨，最終大部分因病、逃亡嘗試或自殺而死亡。
趙玉墨雖然倖存，但她的生活也極為艱難。她被選去伺候日本軍官，因為她的外貌和格調而倖存。在經歷了長達四年的苦難後，她最終設法逃脫，並立即進行了整容手術，以改變自己面目全非的外貌。
玉墨在1946年南京審判會上作為唯一倖存者出庭作證，揭露了日軍犯下的暴行。
整個故事深刻地描繪了這些女性在極端困境中的勇氣、犧牲和堅韌不拔的精神。