區分錦鯉的公母可以通過以下幾個方面進行觀察：
體型。在同一年齡段中，母魚通常比公魚更圓潤，體型較短小，而公魚則相對修長。這一點在60部以上的錦鯉中尤為明顯。需要注意的是，在幼魚階段，公魚的生長速度會更快。
腹部。母魚的腹部相對豐滿，特別是在春季繁殖期這一特徵尤為明顯。相比之下，公魚的腹部較寬平。
胸鰭形狀。母魚的胸鰭末端呈橢圓形，而公魚的胸鰭則較尖。
生殖孔的形狀。生殖孔外突並較寬的是母魚，而往裡凹陷呈一字型的是公魚。
繁殖季節的特徵。在繁殖季節，公魚在手鰭、鰓蓋部位會出現白色追星，觸摸時有粗糙感；而母魚則較為光滑。有經驗的情況下，可以輕輕擠壓錦鯉的腹部，若有精液流出則表明是公魚。
這些特徵在錦鯉成熟後更加明顯。通過綜合這些特徵，可以較為準確地判斷錦鯉的性別。