限制酶切割原理涉及生物體內一類酶的作用，這些酶能夠識別並切割外來的或異源DNA，保護細胞免受外源DNA的侵害，同時對自身DNA無害。限制酶在DNA分子內部特定序列進行切割，這些序列通常具有迴文結構，即正反向讀取的鹼基序列相同。切割方式主要有兩種：
平切：在兩條鏈的相同位置切割，產生平末端。
錯位切：在兩條鏈的不同位置切割，通常相隔幾個核苷酸，產生黏性末端。
限制酶的活性需要鎂離子（Mg²⁺）的激活，有些還需要其他輔助因子。根據不同的特性，限制酶可以分為I型、II型和III型。II型限制酶是最常見的，它們在識別序列內切割雙鏈DNA，產生的DNA片段具有相同的末端結構，通常為黏性末端或平末端，有利於DNA片段的再連線。這些酶識別的序列多為短的迴文結構。
通過電泳技術，可以分析酶切後的DNA片段大小和數量，從而推斷限制酶的切割特性和DNA的結構。例如，質粒DNA在酶切後會產生特定數量的片段，這些片段的長度和數量可以通過電泳遷移率來判定。
綜上所述，限制酶的切割原理基於其能夠識別DNA中的特定序列並進行切割的特性，這種切割對於分子生物學研究、基因工程和遺傳學有著重要的套用價值。