除菌方法可以分為物理除菌法和化學除菌法兩大類。其中，物理除菌法包括：
熱力除菌法。通過高溫殺死微生物，方法包括火焰滅菌、乾熱滅菌、高壓蒸汽滅菌、煮沸滅菌等。
過濾除菌法。使用篩除或濾材吸附等方式除去微生物，適用於不能受熱的物品。
照射除菌法。如放射線滅菌法（利用放射性同位素等產生射線進行照射）和紫外線滅菌法（利用紫外線照射殺死微生物）。
通風消毒。通過空氣流通帶走或吹走一部分空氣中的細菌。
超音波消毒。利用超音波的振動能量破壞微生物結構。
化學除菌法則是利用化學藥物殺滅微生物，常用的化學消毒劑包括酒精、甲醛、漂白粉等，這種方法適用於表面消毒和某些小型物品的快速滅菌。這些方法各有優缺點，適用於不同情況和物品，選擇時應考慮物品的材質、對溫度和化學物質的耐受性以及使用場景的具體要求。