雨花石的故事有很多，比較常見的說法有以下三種：
1. 雨花石是高僧雲遊過的地方，在過江時所撒，並賦予美麗動人的傳說。傳說一：相傳雨花石是“天人”專程下凡，由天人散花後，落在江南秦淮河畔，才形成的美麗“花石”。傳說二：相傳一位雲遊僧人從戰亂中攜一花石至南京，後被雨花台美麗景色吸引而駐足，便將隨身攜帶的雨花石撒向人間，令天女來採集。
2. 傳說烈士在革命勝利後，把雨花石作為革命勝利的象徵，贈送給全國各個地方。
3. 愛情故事：人們賦予雨花石浪漫唯美的愛情傳說，因為它的形狀和質地都與心形相似，且經歷風雨雷電的洗禮，蘊含著一份純淨的愛，代表著至死不渝的愛情。
這些故事賦予了雨花石豐富的文化內涵和象徵意義，使它成為人們喜愛的文化符號之一。