哈巴雪山隧道的建設難度極高，主要體現在以下幾個方面：
地質條件複雜：隧道最大埋深達到了1155米，且隧道圍岩極其破碎，導致地應力極高，支護壓力極大，這些因素均為國內鐵路隧道建設之最。
施工難題：在施工過程中，施工人員需要應對各種難題和突發情況，如溜坍等。在沒有經驗可以借鑑的情況下，每掘進一米都很艱難。例如，2021年4月的一次溜坍險情，破碎的山石像水一樣不斷從山體裡湧出來，現場還夾雜著鋼筋斷裂的聲音，溜坍大概持續了有20個小時，累計溜坍量大概有1000多立方米。
施工組織困難：開工建設時，哈巴雪山隧道有3個作業面，但受大變形的影響，施工作業面最多的時候增加到了22個。同時，鐵路、設計和施工等單位先後組織召開了8次專家研討會，29名知名專家多次研討，動態調整處置方案。
綜上所述，哈巴雪山隧道的建設難度極高，不僅因為其複雜的地質條件，還因為施工過程中遇到的各種難題和組織上的困難。