雲南水醃菜的醃製方法有多種，以下是幾種常見的醃製方法：
直接醃製。用花椒、薑絲、辣椒粉和鹽均勻搓到青菜上，之後碼放到陶罐里，可以加1勺白糖使口感和顏色更加的清爽。
米湯發酵。把菜直接壓入陶罐後，倒入沒過青菜的溫熱米湯。這種方式做出來的水醃菜，吃的時候需要調味，一般用油辣子、花椒、鹽、醬油，再切一兩個新鮮的小米辣即可。
傳統方法。使用芥菜尖，曬蔫後切小段，放鹽巴使勁揉，調味放辣椒麵、草果粉、炒大米混合在一起，加快發酵。揉好的芥菜用大塑膠桶裝起來，壓實。
晾曬醃製。青菜洗淨後晾曬水分，切段後放鹽巴使勁揉，揉到一定程度，把芥菜擠成團，把揉出的水倒掉。可以加入小米辣、花椒、紅糖等調料攪拌均勻。
快速醃製。將青菜曬蔫後清洗乾淨，晾乾水分，切段後放鹽、紅糖、辣椒麵等調料拌勻，裝入無水無油的容器中，倒入熬製好的米糊和純淨水，密封放置7天左右即可食用。
這些方法都有其獨特的風味，可以根據個人口味和食材選擇合適的方法進行醃製。