雲南火腿的醃製方法主要包括以下幾個步驟：
選腿。選用新鮮的黑毛跑山豬後腿，去除多餘的肉和脂肪，修整成樹葉型或琵琶型。
冷卻。將豬腿冷卻24小時，讓其徹底冷卻。
上鹽。首次給豬腿上鹽，上鹽量為鮮腿重量的6.5%~7.5%，通常上鹽量為2%，從豬蹄處開始反覆揉搓，沿著豬腿向上揉搓，使皮面變軟。上鹽分為三次，通常在一個月內完成。
堆碼。將上好鹽的火腿堆碼起來，壓出裡面的血水，同時讓火腿肉更加緊實。
脫鹽。經過一個月到一個半月的醃製後，通常需要進行脫鹽處理，使火腿發酵後不會過鹹。
發酵。將醃製好的火腿倒掛於通風、適合火腿發酵的地方，經過一年左右的時間發酵。
晾曬和保存。將火腿用繩子或鉤子掛起來，風乾至完全乾燥，沒有一點水分，然後進行長時間保存，如放在糧食堆里。
此外，在醃製過程中，還可以根據個人口味添加花椒等調料，或者在火腿表面塗抹酒，以增加風味。