《靈飛經》的結局是相當悲劇的。在靖難之役中，小公主朱微自殺於兩軍陣前。樂之揚本想帶著傷愈的朱微離開中土去無雙島隱居，但是劇情的發展急轉直下，樂之揚的身世揭開，平添了樂朱二人之間的隔閡。梁思禽委託樂之揚護送燕王世子兄弟，這更是將其推入無邊痲煩之中，抽身之日遙遙無期。朱微在北平先被兄長燕王帶去大寧勸說親哥寧王，見到最敬愛的親哥後卻並不被待見，反被寧王呵斥污衊，而後見到兄弟反目。因為公主身份，後又被沖和尚劫持，死後餘生又被雲虛劫持以威脅樂之揚。樂之揚在靈堂見到朱微的遺體，心如死灰但求一死，但他卻不求別人只求葉靈蘇賜他一死。樂之揚明明知道葉靈蘇下不去手，哪怕是他殺了葉的生父。若要求死，大可自行了斷，也可死於東島眾人只手，卻偏偏找到葉靈蘇，在靈堂里說出「我這條命都是你的」，未免令人心寒。
葉靈蘇經過大起大落，先是從東島弟子到鹽幫幫主，但即便如此，還是看著自己的兄弟朋友，在歷史的洪流裡面，為了功名利祿，不斷成為他人的棋子，為了並不重要的金銀財寶，白白葬送了自己的寶貴生命。而她自己，本不想傷人性命，但因為捲入到戰爭之中，目睹了千萬條生命因自己而死。樂之揚也是一樣，雖然經過各種各樣的奇遇，武功因為音樂而不斷增長，但在朱微死了之後，他的心已死，一心求死，不想獨活。
最後，樂之揚與葉靈蘇再次相遇，隔著一條秦淮河，樂之揚到底有沒有跨過去，書中並沒有交代。根據鳳歌的意思，二人最終還是走在了一起，到了無雙島隱居。