鞋子除菌可以通過以下幾種方法進行：
陽光暴曬法。將鞋子放在陽光下暴曬，因爲紫外線和高溫可以殺死細菌和真菌。
使用酒精。將75%的酒精均勻噴灑在鞋內，酒精與蛋白質作用，導致蛋白質硬化，從而殺死真菌。
化學消毒劑。使用84消毒液、過氧乙酸、漂白粉等化學消毒劑，按比例與水勾兌後，將鞋子浸泡其中，可殺滅真菌。
高溫加熱法。對於耐高溫的鞋子，如拖鞋、布鞋，可以通過煮沸的方式消毒，一般煮沸二十到三十分鐘左右。
使用除臭劑。在鞋子內放置除臭球、除臭袋、茶葉包、小蘇打等，這些物品可以吸收異味並抑制細菌生長。
定期清潔和更換襪子。每天洗腳、換襪子、刷鞋，定時更換襪子、洗腳可以減少細菌來源。
使用木炭或活性炭。木炭和活性炭具有強大的吸附性，能吸收鞋內的水分和氣味。
使用檸檬片或橘子皮。將檸檬片或者橘子皮放在鞋子內，可以去除異味並留下清香。
在進行除菌處理時，應考慮到鞋子的質地是否能夠耐受相應的高溫或化學處理，以避免損壞鞋子。