韭菜的種植施肥主要包括底肥和追肥兩部分：
底肥。在播種或定植時施用的肥料，主要用於土壤的初步肥力增強。可以選擇腐熟的有機肥，如糞便、秸稈、餅肥等農家肥，也可以使用化肥，如複合肥。施用量根據具體情況而定，一般每畝施用量不少於3立方米農家肥或60~80斤化肥。
追肥。在韭菜生長過程中根據其長勢施加的肥料。春季韭菜出芽後，結合鬆土操作，可以追施尿素和複合肥。每次收割後應進行一次追肥，但高溫季節應避免追肥。秋季涼爽後再進行追肥。一般收穫季節追肥4次左右，霜降後每畝追施土雜肥2~3立方米作為越冬肥料。
磷鉀肥和腐熟的動物糞肥混合使用也有助於韭菜的根系發展，提高長勢。