清洗馬桶的方法有很多，可以使用家用清潔劑，如潔廁靈、漂白粉或84消毒液，這些產品可以有效去除污漬，使用時按照說明書稀釋後倒入馬桶中，浸泡一段時間後用馬桶刷清洗。可以自制清潔劑，如將小蘇打、食鹽和洗衣粉按1:1:1的比例混合後撒入馬桶，靜置一段時間後刷洗。將食用醋和清水混合後倒入馬桶中，浸泡半天左右，然後用刷子清洗。將喝剩下的可樂倒入馬桶中，浸泡一箇小時左右，污垢便能被清除，若清除不徹底，可進一步用刷子刷洗。
此外，還可以使用砂紙摩擦馬桶污垢，去除清潔劑不能去除的污漬。在清洗時，需要注意馬桶的邊緣和死角，尤其是馬桶蓋板下方難以觸及的地方，可以使用可拋式馬桶刷或者邊角縫隙清潔刷來徹底清潔。定期清潔可以有效防止污漬積累，保持馬桶的衛生。