馬祖的美食融合了福州的傳統風味和當地特色，其中一些著名的特色美食包括：
蠣餅。這是一種傳統的福州小喫，馬祖的版本通常會加入花生、冬粉、雞蛋、肉和牡蠣等配料，味道獨特。
鼎邊糊。源自福州的傳統小喫，在馬祖也非常受歡迎，價格適中。
繼光餅。外型類似貝果，外頭灑上芝麻，內可夾矌肉或海鮮炒蛋。
魚面。使用新鮮去皮魚肉和太白粉製成的魚產加工品。
馬祖酥。原名“起馬酥”，是流行於閩東地區的甜食，類似臺灣傳統點心“地瓜酥”。
香Q黃金餃。以甘薯和太白粉製成，採用特級花生與蔥花入餡。
清蒸淡菜。地道的馬祖名產海鮮，鮮美好味道又滋補。
鮁魚飯。用當地鮁魚和米飯製作的美食，營養豐富。
鮑魚粥。用當地鮑魚和米飯製作的美食，營養豐富。
馬祖烤雞。用當地土雞和特製調料製作的美食，口感鮮美。
此外，還有老酒面線、紅糟雞、紅糟肉、地瓜餃、槍蝦、迷你糕、清蒸黃魚、淡菜、筆架、東莒光蛤、蘿蔔絲餅、紫菜等美食。