《黑客帝國》真實故事改編自黑客沃茲和金（Vortex and Kim）的創始人——美國喬治城大學學生利用病毒散播網絡犯罪的故事。
在《黑客帝國》中，主角尼奧是二元對立的普通人，而實際上他卻是屬於機器人的編制的"意識網路"中的一個程式，就像蜘蛛俠中的彼得·帕克在面臨真實的罪惡感和道德選擇前，其實就是一個電腦程式。每個超級英雄都有類似的經歷。影片只是將情節從現實中的社會現象轉移到了網路中，就像黑死病在世界各個地方擴散一樣。人類的大腦並不懂得真正的創新，因為身體裡充滿了操縱他們思維的代碼，所以說他們其實是生活在一個虛構的"網路"中的"數字意識"。在這個框架中，一切"新奇事物"其實都來自相同的來源，也是《黑客帝國》的主旨和暗喻。