高通量分析方法是一類在生物醫學研究中廣泛套用的技術，它們能夠同時處理大量樣本或化合物，以快速識別生物標記物、藥物候選物或其它生物活性物質。以下是一些常見的高通量分析方法：
螢光偏振。適用於研究不同質量的分子之間的結合，如蛋白與分子（配體）、蛋白與蛋白相互作用、核酸雜交等。這種方法可以定量測定IC50值，並且幾乎適用於所有蛋白類型，包括GPCR、核受體和酶等。例如，Ali Camara團隊使用螢光偏振技術篩選了9680種活性化合物，發現了第一個HYPE腺苷轉移酶的小分子調節劑。
螢光共振能量轉移(FRET)。適用於檢測兩個蛋白質之間親和力的變化或因結合構象改變引起的蛋白質-蛋白質相互作用方式的改變。例如，Yoshitomo Shiroma團隊通過構建DNA strand exchange FRET系統，從32914種化合物中篩選出RelA特異性抑製劑，這種方法甚至能區分NF-κB的具體某個亞基。
酶聯免疫吸附試驗(ELISA)。這是一種最常用的實驗方法，可用於檢測和定量如抗體、蛋白質和激素等物質。但它存在靈敏度低的缺點，可以通過減少樣品體積、增加控制和吞吐量等方法進行最佳化。
這些方法在藥物發現、生物標誌物鑑定和疾病診斷等領域發揮著重要作用。