高通量測序，也稱爲下一代測序技術(NGS)或第二代測序技術，是對傳統Sanger測序技術的一次革命性的改變。
高通量測序技術可以在一次測序反應中並行對大量DNA或RNA分子（幾十萬到幾百萬條）進行序列測定，與傳統Sanger測序相比，它具有更高的通量、更快的檢測速度、更高的靈活性以及更低的成本。這種技術通過將DNA或RNA分子隨機斷裂成小片段，並在流式細胞儀上進行並行測序，使用計算機程序對這些片段進行拼接和分析，最終還原出整個DNA或RNA序列。
高通量測序廣泛應用於基因組學、轉錄組學、表觀遺傳學等多箇領域，在疾病診斷、個性化醫療、微生物學等多箇方面發揮了重要作用。例如，它可以用於無創產前基因檢測，幫助檢測胎兒的染色體異常風險。