使用硝化細菌時，需要注意以下幾點：
提供濾材。硝化細菌需要附着在濾材上才能發揮作用，沒有濾材的話，再多的硝化細菌也無法發揮作用。
適宜溫度。硝化細菌在5到40度的溫度範圍內可以存活，但最適宜的工作溫度是20到35度。
正確用量。根據魚缸的大小和水的容量，按照產品說明添加硝化細菌。新魚缸開缸時，用量應加倍。
激活硝化細菌。開缸時，需要提供食物（如闖缸魚、舊濾材或菌糧）和充足的氧氣，以促進硝化細菌的快速生長和繁殖。
定期補充。硝化細菌系統穩定後，不需要頻繁補充，但需要定期檢查和補充，以維持其活性。
避免與藥物混用。在魚生病時，應優先使用藥物治療，避免同時使用硝化細菌和藥物，以免影響治療效果。
使用硝化細菌膠囊時注意。需要去掉膠囊的外殼，如果是液體硝化細菌，則直接倒入魚缸或過濾系統中。
定期檢查水質。通過水質測試劑定期檢查氨氮、亞硝酸鹽等有害物質的含量，確保硝化細菌發揮作用。
避免陽光直射。硝化細菌是好氧性細菌，不喜光，因此應避免陽光直射。
維持適宜的水質。定期更換水，保持水質清潔，避免過量食物殘渣影響水質。