醃鹹菜長毛的原因可能有以下幾點：
容器中有水。在醃製過程中，如果容器沒有完全乾燥就用來醃製，容易導致鹹菜長白毛。
密封性不好。醃製時若未能確保容器完全密封，雜菌容易侵入，導致鹹菜長毛。
鹹度不足。如果鹹菜沒有達到足夠的鹹度抑制細菌生長（一般食用鹹菜的鹹度為9%左右），微生物活動可能導致長毛。
醃製加工滅菌不到位。加工過程中若滅菌工作做得不好，有害細菌殘留其中，容易使鹹菜變質。
醃製時間過長。醃製時間過長可能導致鹹菜變質和發霉。
存放時間過長。鹹菜若存放時間過長，容易受到細菌、黴菌的污染。
醃製環境潮濕。潮濕的環境有利於細菌、黴菌的滋生，可能導致鹹菜變質。
食品衛生不佳。醃製過程中若不注意食品衛生，可能導致致病菌的繁殖。
此外，高溫環境下醃製、醃菜器材不乾淨、鹽水濃度低以及蔬菜部分暴露於水面與空氣接觸等因素也可能導致鹹菜長毛。如果鹹菜長毛，應避免食用，因為這可能產生大量的黴菌，食用後可能對身體健康造成影響。