麵包發霉的原因主要是由於黴菌的作用，這些黴菌包括青黴菌、青麴黴、根黴菌、赭黴菌及白黴菌等。麵包在適宜的條件下，如高溫和高濕度，會成為黴菌生長的理想環境，黴菌在麵包上繁殖，導致麵包表面出現霉臭味、彩色斑點，並可能蔓延至整個麵包表皮和蜂窩結構。
此外，麵包生產過程中的環境污染、車間通風不良、原料品控問題以及二次黴菌交叉感染等因素，也可能導致麵包發霉。例如，如果生產環境的空氣中浮游有黴菌孢子，這些孢子可能落在麵包上，導致麵包霉變。同時，如果麵包生產車間的工器具有發霉的跡象，或者麵粉、添加劑等原材料已經被黴菌污染，也會導致麵包霉變。
黃麴黴菌是一種常見的引起麵包發霉的黴菌，它具有較強的耐高溫性，能在高溫環境下快速繁殖，並耐受紫外線的照射。因此，在高溫高濕的環境條件下，黃麴黴菌等黴菌更容易在麵包上生長並引起霉變。
黴菌在生長過程中會釋放孢子，這些孢子可以在空氣中飄浮並散布到其他地方，繼續繁殖，進一步污染食品。因此，為了防止麵包發霉，應控制適宜的儲存條件，避免高溫高濕環境，並確保食品包裝的密封性。