黃藥師的死因與他的妻子馮蘅有關。馮蘅因默寫《九陰真經》經文,心力交瘁,難產而死,她這麼做目的是爲了讓黃藥師開心。馮蘅的死,成了黃藥師最大的心結,令他愧疚數十年。因此,黃藥師選擇了殉葬,他駕船出海,與妻子一齊葬身萬丈洪淘之中。