去除黑毛藻有多種方法：
生物除藻法。使用某些生物如清道夫魚、小精靈魚、黑線飛狐等，它們以藻類爲食，能有效去除黑毛藻。這種方法安全，不會污染水體，同時有助於生態平衡的恢復。
化學除藻法。使用如戊二醛之類的除藻劑。這種方法見效快，但需注意用量，過量使用可能損害水族箱生態系統或對某些生物造成傷害。
改善水質法。通過減少光照、停止施肥、加強過濾和定期換水來改善水質，減少黑毛藻的生長條件。這種方法從根本上解決問題，但需要時間和耐心。
物理除藻法。直接從魚缸中剝離黑毛藻，如修剪帶藻的葉片或用虹吸管和刷子清理沉木和石頭上的藻類。這種方法可以立即見效，但需要定期維護，並注意清理徹底以防止藻類擴散。