黑金剛的清洗方法可以根據其材質和污垢程度來選擇不同的清洗方式。以下是幾種清洗黑金剛的方法：
海鹽清洗法。將黑金剛浸泡在海鹽水中，時間大約爲3到4個小時，之後放在室外自然風乾。也可以將黑金剛埋在海鹽堆中幾個小時以達到消磁的目的。
清水清洗法。使用自來水清洗黑金剛，可以直接在水龍頭下衝洗20多分鐘，或者將黑金剛放置在溪水中沖洗。
陽光消磁清洗法。將黑金剛放置在陽光可以直接照射的位置，如窗臺或露臺，照射時間約爲30分鐘至1小時。需要注意的是，陽光聚焦可能引發火災，因此應避免在晶石附近擺放易燃物品。
月光星晨照射法。在農曆十五月圓之夜，將黑金剛放置在露臺或窗邊，接受月光照射一晚的時間。
浸泡清洗法。如果黑金剛變黑不是很嚴重，可以用乾燥和乾淨的雙手繼續盤玩，以掩蓋之前的污漬。如果情況比較嚴重，可以將黑金剛浸泡在水中，之後拿出來用鋼絲刷清洗。
在清洗後，應先用紙巾或乾布擦乾黑金剛表面的水分，然後放在陰涼處靜置幾天，直至完全乾燥後再進行盤玩。