33342染色原理是Hoechst 33342螢光染料能夠穿透細胞膜，嵌入雙鏈DNA並釋放藍色螢光。
這種染色法主要用於檢測細胞凋亡。在正常細胞中，Hoechst 33342可以進入細胞膜，但量較少，僅使細胞核染上低水平的藍色。而在凋亡細胞中，由於細胞膜的通透性增強，Hoechst 33342進入細胞內的量會比正常細胞多，因此螢光強度較高。此外，凋亡細胞中的染色體DNA結構發生變化，使得Hoechst 33342更有效地與DNA結合，從而增強了染色效果。
對於壞死細胞，由於其細胞膜的完整性早期就已經喪失，可以被PI（propidium iodide）染料染色，PI不能穿透完整的細胞膜，因此活細胞對它拒染，而壞死細胞則被染色。通過Hoechst 33342和PI的雙染，可以使用流式細胞儀或螢光顯微鏡來區分正常細胞、凋亡細胞和壞死細胞，其中正常細胞呈現弱紅色螢光和弱藍色螢光，凋亡細胞呈現弱紅色螢光和強藍色螢光，而壞死細胞則呈現強紅色螢光和弱藍色螢光。