《刺客信條：兄弟會》的故事設定在17世紀初期的義大利，遊戲的主角是一位名叫阿圭勒的刺客。他是一位被家族遺棄的兄弟會成員，尋求在義大利城市中恢復秩序，並揭露腐敗的聖殿騎士。故事中，他與一位女刺客艾芙琳發展出一段浪漫關係，並共同對抗聖殿騎士的威脅。
然而，這只是故事的一部分。遊戲還涉及到更廣泛的政治和宗教衝突，包括羅馬共和國與羅馬帝國的衝突，以及基督教與伊斯蘭教的衝突等。這些衝突為遊戲的世界觀提供了深度，同時也為刺客和聖殿騎士的鬥爭增添了更多的複雜性。
總的來說，《刺客信條：兄弟會》是一個充滿動作、冒險和策略的遊戲，它不僅提供了刺激的戰鬥和潛行機制，還通過豐富的故事情節和歷史背景，讓玩家在探索遊戲世界的同時，了解更多關於義大利歷史的知識。