Assassin's Creed（刺客教條）系列的故事包括許多歷史事件和虛構元素，交織成一個複雜而連貫的故事線。以下是該系列的主要故事線：
1. Abstergo公司與刺客組織：Assassin's Creed遊戲的主要反派組織Abstergo由安東尼·謝克（Anthony Zesch）創建，他們通過研究Anasazi藝術品來尋找刺客的基因密碼，以獲取“神聖的遺物”（Relics of Mercy）解鎖一個神秘遺產——解密所有真相的關鍵。Abstergo的分支組織負責在全世界消滅刺客組織成員。
2. Ezio Auditore的故事：Ezio Auditore da Firenze是遊戲的主角，他是刺客組織的成員，並參與了許多重要的任務，包括抵抗羅馬帝國的統治者和尋求真理的刺客組織。他的故事始於他的童年時期，他通過家族的遺傳記憶學會了刺客的手藝。
3. 前傳故事：Ubisoft發布了Ezio三部曲，這三部作品講述了Ezio在成長為刺客的過程中所發生的故事。其中包括對早期刺客組織的描繪，以及Ezio與他的兄弟薩拉丁的關係。
4. 現代故事：在Assassin's Creed II中，玩家扮演了一位現代刺客組織的成員，該組織試圖阻止Abstergo的計畫並恢復刺客組織的遺產。這個現代故事線與前傳故事線交織在一起，提供了一個對Assassin's Creed世界的寬廣視角。
5. 支線故事：Assassin's Creed系列的其他支線遊戲提供了關於不同角色的獨立故事，例如Bloodlines和Secret Chronicles系列。這些故事講述了獨立的歷史時期和地點，與主線故事有所不同。
請注意，Assassin's Creed系列的故事並非線性的，它包括許多可能的分支路徑和不同結局，玩家可以按照自己的興趣和偏好來探索這些故事。