ChIP-seq分析流程通常包括以下幾個步驟：
質量控制。使用工具如FastQC對測序數據進行質量評估，確保數據質量滿足後續分析的要求。
序列比對。將測序數據與參考基因組進行比對，常用的比對工具包括Bowtie2或BWA。
peak calling。這一步是ChIP-seq分析的核心，主要目的是在基因組上找到轉錄因子（TF）結合的信號熱點。這個過程包括定義染色體上的信號波形、建立背景矯正模型、設定尋找peak的標準（基於背景矯正模型中的背景值）、矯正模型以過濾假陽性peak、對找到的peak進行排序並給出顯著度。
peak注釋。對找到的peak進行注釋，以了解它們在基因調控中的作用。
此外，ChIP-seq數據分析特有的步驟還包括延伸read、建立「雙峰模型」以及MACS分析等。延伸read是因為read只是跟隨轉錄因子一起沉澱下來的DNA fragment的末端，其位置並不是轉錄因子結合的真實位置。通過延伸read，可以更準確地定位轉錄因子結合的位點。MACS會以一定的視窗大小掃描基因組，統計每個視窗中read的富集程度，並從中抽取合適的視窗作為樣本，建立「雙峰模型」來分析轉錄因子結合的特異性。