保存DNA的方法取決於所需保存的時間長度以及是否便於操作。以下是根據保存時間長度劃分的不同方法：
短期保存（兩周至兩年）。將提取的DNA溶解在無菌水或TE緩衝液中，然後在-20℃至-80℃的溫度下保存。這種方法即取即用，方便快捷，但需要使用深凍冰櫃，且在反覆凍融時容易發生降解。
中期保存（十年至二十年）。將提取好的DNA直接保存到無水乙醇中，在-20℃至-80℃下保存。使用時，離心棄去乙醇，再加入無菌水或TE緩衝液溶解即可。
長期保存（二十年以上）。可以將提取好的DNA通過真空冷凍抽乾製成乾粉，然後在-20℃至-80℃下保存。這種方法保存時間長，但需要消耗較多能源，且在製成乾粉過程中可能需要大量的DNA，取材困難。
超長期保存（一百年以上）。最近有學者提出以DNA納米分子包覆技術對DNA進行保存，但這種高科技方法難以普及。
此外，如果需要長期保存DNA，可以考慮將DNA樣本包裹在耐腐蝕的金屬膠囊中，或者使用DNA保存液（含有純化水、磷酸二氫鉀、葡萄糖等成分），在-80℃或液氮環境中保存。在保存過程中，應避免外界環境出現劇烈波動，以保持DNA的穩定性。