使用EC修改器的方法通常包括以下幾個步驟：
打開EC修改器並選擇模擬器和遊戲。首先，打開EC修改器並確保已經打開了GBA模擬器和遊戲ROM。如果沒有打開遊戲，相應的下拉框將無法選擇。
選擇遊戲和修改項目。在EC修改器的下拉列表中選擇對應的遊戲，例如，《沉默的遺蹟:四狂神戰記》在GBA遊戲裡的編號是0344。選擇遊戲後，會出現可以修改的選項。
激活作弊碼。將需要修改的選項（如「全道具」）前打勾，然後點擊「激活作弊碼」。這將使修改生效。
在遊戲中確認修改。修改後，需要返回遊戲刷新畫面以確認修改是否成功。如果修改的是道具、物品或經驗值等，修改後通常可以將EC修改器關閉。但如果修改的是滿HP、滿MP等持續狀態的項目，則需要保持EC修改器打開的狀態。
此外，還有其他方法可以修改遊戲記憶體中的數值，例如使用CE修改器。在CE修改器中，首先需要啟動遊戲，然後打開進程，找到遊戲的進程並打開。在遊戲裡找到要修改的數值，然後在CE的「值」下框中輸入修改後的數值，並點擊「新的掃描」來查找記憶體地址。縮小尋找範圍後，再次在遊戲中的行動來使數值改變，以確認記憶體地址。最後，將確認的記憶體地址拉到下方的空白處，輸入新的數值並保存，然後切回遊戲查看效果。