EM菌是一種有益微生物，可用於農業、水產養殖和土壤改良等方面。使用EM菌的方法如下：
農業應用。將EM菌粉撒在需要堆肥的物料上，或製作成液體EM菌液噴灑於植物。在種植時，每畝地使用50公斤的EM菌堆肥，混合到其他肥料中使用。用0.2%的EM菌液均勻噴灑土地。用於育苗時，可以在育苗基質中加入20%至30%的EM菌堆肥，以及用0.1%的EM菌液噴灑育苗基質。
水產養殖。在魚塘注水後，使用EM菌代替石灰均勻噴灑，以淨化水體。定期在池塘中使用EM菌液，如在放養後每畝使用1公斤潑灑，初期每15天一次，之後每月一次。在投餵顆粒飼料前，用EM菌液稀釋後噴灑飼料。使用糞肥時施用EM菌效果更佳，可以除氨去臭。
土壤改良。在池塘注水前1周，使用益生菌活性液和防蟲液代替石灰和漂白粉噴灑，以消毒和淨化池塘。在種植前，用0.1%的EM菌液噴灑土壤，播種期或育苗期用0.5%的EM菌液浸泡種子，出苗後用0.1%的EM菌液噴灑。移栽時用0.2%的EM菌液泡根，然後用稀釋後的液體澆根。
水果和蔬菜種植。用0.1%的EM菌液噴灑植物，促進生長和提高產量。在花期前使用防蟲液，每週噴灑一次以防病蟲害。果實採摘後，用1%的EM菌液噴灑葉面和果實。
根據具體需求和作物類型，可以靈活調整EM菌的使用方法和濃度。